O processo de construção da Pousada da Juventude começou em 1991, altura em que foi colocada a primeira pedra do empreendimento na Quinta de São Francisco, no seguimento de um protocolo celebrado entre a Câmara Municipal e o Instituto da Juventude. O concurso público para a construção da pousada da juventude foi lançado em 1996, por 1,5 milhões de euros e com projeto do arquiteto Carrilho da Graça. A pousada, com 25 quartos e 70 camas foi inaugurada dois anos depois, em agosto de 1998.
Recorde-se que, em contexto de pandemia por Covid-19, a Pousada da Juventude de Viana do Castelo está pronta a receber idosos com teste positivo de Covid-19, mas que não necessitam de internamento hospitalar. Tem capacidade imediata para 16 pessoas, mas pode chegar a 50.