O Fundo Ambiental tem por finalidade apoiar políticas ambientais para a prossecução dos objetivos do desenvolvimento sustentável, contribuindo para o cumprimento dos objetivos e compromissos nacionais e internacionais, designadamente os relativos às alterações climáticas, aos recursos hídricos, aos resíduos e à conservação da natureza e biodiversidade, financiando entidades, atividades ou projetos.
No âmbito do protocolo, a Agência Portuguesa do Ambiente irá assegurar o financiamento junto do Fundo Ambiental. A APA exerce, em matéria de recursos hídricos as funções de Autoridade Nacional da Água, nomeadamente propondo, desenvolvendo e acompanhando a execução da política dos recursos hídricos, com vista à sua proteção e valorização, através do planeamento e ordenamento dos recursos hídricos e dos usos das águas, da gestão das regiões hidrográficas, da emissão dos títulos de utilização dos recursos hídricos não marinhos e fiscalização do cumprimento da sua aplicação, da análise das incidências das atividades humanas sobre o estado das águas, da gestão das redes de monitorização, bem como da garantia da consecução dos objetivos da Lei da Água e promoção do uso eficiente da Água.